Το νέο Αρχαιολογικό Μουσείο Πύλου, στο κτήριο Μαιζώνος στο Νιόκαστρο Πύλου, αποτελεί συνέχεια του Αντωνοπούλειου Αρχαιολογικού Μουσείου Πύλου που μέχρι το 2014 φιλοξενούνταν στο κέντρο της πόλης και συμβάλλει στη διαμόρφωση ενός πολυδύναμου πολυχώρου πολιτισμού. Η εκθεσιακή αφήγηση του σύγχρονου Αρχαιολογικού Μουσείου Πύλου καλεί τον επισκέπτη να περιηγηθεί «στα ίχνη της Πύλου….». Μοναδικά αρχαιολογικά εκθέματα, όπως μια από τις αρχαιότερες πινακίδες Γραμμικής Β΄ γραφής που προέρχεται από τις ανασκαφές στην Ίκλαινα Μεσσηνίας, υποστηρίζονται από ψηφιακές εφαρμογές που με καινοτόμο τρόπο και παρουσιάζουν την ιστορία της Πυλίας από την απώτερη προϊστορία έως τα ρωμαϊκά χρόνια. Η έκθεση διαρθρώνεται σε δύο θεματικούς άξονες περιήγησης. Ο πρώτος έχει τίτλο «…επί του ωραιοτέρου κόλπου του κόσμου…» καις παρουσιάζει τη διαχρονική κατοίκηση στα παράλια της Πυλίας. Ο δεύτερος με τίτλο «Στην Πυλιακή ενδοχώρα» προβάλλει κυρίως, την πλούσια μυκηναϊκή ιστορία της περιοχής.
H μετεγκατάσταση και επανέκθεση του Αρχαιολογικού Μουσείου Πύλου, μέσα στον οργανωμένο αρχαιολογικό χώρο του Νιόκαστρου, συμβάλλει στη δημιουργία ενός «πολυχώρου» πολιτισμού, καθώς στο εσωτερικό του φιλοξενούνται μνημεία, μουσεία και εκθέσεις που αλληλοσυμπληρώνουν και αναδεικνύουν την ιστορική, θρησκευτική, αρχιτεκτονική και πολιτισμική ενότητα της Πύλου και της ευρύτερης περιοχής. Ο Ναός Μεταμόρφωσης του Σωτήρος στο κέντρο του μεγάλου περιβόλου του κάστρου, που αρχικά οικοδομήθηκε ως οθωμανικό τέμενος (επί σουλτάνου Μουράτ Γ ́ 1573 – 1595), αποτελεί ένα εξαίρετο μνημείο στο οποίο υλοποιήθηκαν εργασίες συνολικής αποκατάστασης στο πλαίσιο του ΕΣΠΑ 2007 – 2013
Το πρώτο μουσείο ενάλιων αρχαιοτήτων στον Ελλαδικό χώρο λειτουργεί από το 2012 στο «κτήριο Πασά» με την περιοδική έκθεση «Βυθισμένα ταξίδια, ανθρώπινες εξευρενήσεις: Ίχνη σημαίνοντα στις θάλασσες της Πελοποννήσου». Επιπλέον στον προμαχώνα του Μακρυγιάννη έχει οργανωθεί η έκθεση «Βυθισμένοι Οικισμοί της Νότιας Πελοποννήσου» και στις ανοικτές θόλους της ακρόπολης εκτίθενται αμφορείς από ναυάγια πλοίων. Επίσης, στη μεγάλη Θόλο της ακρόπολης προβάλλεται η ψηφιακή αναπαράσταση της ναυμαχίας του Ναβαρίνου.
Στο πλαίσιο της μετεγκατάστασης και μεταφοράς του Αρχαιολογικού Μουσείου Πύλου, εκπονήθηκε μουσειολογική μελέτη από ομάδα αρχαιολόγων της πρώην ΛΗ ́ ΕΠΚΑ, η οποία εγκρίθηκε, λαμβάνοντας πολύ θετικά σχόλια, από το Συμβούλιο Μουσείων τον Απρίλιο του 2012, οπότε και εκδόθηκε η σχετική Υπουργική Απόφαση. Στη συνέχεια εκπονήθηκε η μουσειογραφική μελέτη, η οποία εγκρίθηκε τον Μάιο του 2013.
Το έργο με τίτλο «Επανέκθεση Αρχαιολογικού Μουσείου Πύλου, Δήμου Πύλου – Νέστορος Περιφέρειας Πελοπον- νήσου» εντάχθηκε στο Επιχειρησιακό Πρόγραμμα «Ανταγωνιστικότητα και Επιχειρηματικότητα» (ΕΠΑΝ ΙΙ) του ΕΣΠΑ (2007 – 2013) με κωδικό MIS 448808 και προϋπολογισμό 1,099,750.00 ευρώ και ολοκληρώθηκε τον Δεκέμβριο του 2015. Μέχρι την εφαρμογή του νέου οργανογράμματος του Υπουργείου Πολιτισμού, τον Οκτώβριο του 2014, το έργο υλοποιήθηκε με αυτεπιστασία από την τότε αρμόδια ΛΗ ́ Εφορεία Προϊστορικών και Κλασικών Αρχαιοτήτων με αναπληρώτρια προϊσταμένη την Άννα Βασιλική Καραπαναγιώτου. Έκτοτε, συνεχίστηκε από την Εφορεία Αρχαιοτήτων Μεσσηνίας με προϊσταμένη την Ευαγγελία Μηλίτση – Κεχαγιά και ολοκληρώθηκε τον Δεκέμβριο 2015.
Στο πλαίσιο υλοποίησης τουέργου εκπονήθηκαν επιμέρους μελέτες σχετικά με τον φωτισμό, τις Η/Μ εγκαταστάσεις τα αρχιτεκτονικά σχέδια προθηκών, βάθρων, κατασκευών, τη συντήρηση των εκθεμάτων.
Το κτήριο Μαιζώνος στο Νιόκαστρο Πύλου, όπου μεταφέρθηκε η νέα έκθεση, είναι ένα επίμηκες ιστορικό, διατηρητέο κτήριο με πολλά ανοίγματα και περιορισμένων διαστάσεων εκθεσιακό χώρο. Με γνώμονα λοιπόν τα χαρακτηριστικά αυτά, έγινε προσπάθεια το εκθεσιακό σενάριο να ενταχθεί αρμονικά στο κτηριακό κέλυφος. Για τον σκοπό αυτό έγινε αυστηρή επιλογή των προς έκθεση αντικειμένων μεταξύ όλου του διαθέσιμου υλικού που προέρχεται τόσο από την παλιά όσο, και από τη νεότερη αρχαιολογική έρευνα. Επιλέχθηκε να παρουσιαστούν οι συστηματικά ανεσκαμμένες και δημοσιευμένες θέσεις που απέδωσαν ανασκαφικά ευρήματα, τα οποία μπορούν να εκτεθούν και αποτελούν τους δυνατούς κρίκους στο ταξίδι της αναζήτησης της Πύλου. Θέσεις που αποτελούν τους ενδιάμεσους σταθμούς της ιστορίας μας, αλλά οι γνώσεις μας γι’ αυτές προκύπτουν κυρίως μέσα από τις γραπτές πηγές και τα σποραδικά αρχαιολογικά ευρήματα (π.Χ. η Πύλος των Ρωμαϊκών χρόνων, η μάχη της Σφακτηρίας) παρουσιάζονται στις ψηφιακές εφαρμογές.
