Μοναδικά αρχαιολογικά εκθέματα, όπως μια από τις αρχαιότερες πινακίδες Γραμμικής Β΄ γραφής που προέρχεται από τις ανασκαφές στην Ίκλαινα Μεσσηνίας, υποστηρίζονται από ψηφιακές εφαρμογές με καινοτόμο τρόπο και παρουσιάζουν την ιστορία της Πυλίας από την απώτερη προϊστορία έως τα ρωμαϊκά χρόνια. Η έκθεση διαρθρώνεται σε δύο θεματικούς άξονες περιήγησης. Ο πρώτος έχει τίτλο «…επί του ωραιοτέρου κόλπου του κόσμου…» και παρουσιάζει τη διαχρονική κατοίκηση στα παράλια της Πυλίας. Ο δεύτερος με τίτλο «Στην Πυλιακή ενδοχώρα» προβάλλει κυρίως, την πλούσια μυκηναϊκή ιστορία της περιοχής.
Η Ομηρική Πύλος – puro, που σύμφωνα με την επικρατέστερη άποψη χωροθετείται στον Άνω Εγκλιανό, όπου η αρχαιολογική σκαπάνη έφερε στο φως το ανάκτορο του Νέστορος και η διασύνδεσή του με τον όρμο της Βοϊδοκοιλιάς προβάλλονται στο σταθμό με τίτλο «…ἐς δέ Νέστορα … περιῆλθε Μεσσηνίων ἡ ἀρχή..». Ιδιαίτερη μνεία δίνεται στον θολωτό τάφο που αποδίδεται στον Θρασυμήδη, γιο του Νέστορα, βασιλιά της Πύλου.
Στο πλαίσιο της εκπαιδευτικής δράσης του μουσείου έχει υλοποιηθεί εκπαιδευτικό υποστηρικτικό υλικό, μουσειοσκευή και οικογενειακοί εκπαιδευτικοί σάκοι που προτείνουν ευχάριστες προσεγγίσεις και μπορούν να χρησιμοποιηθούν από μαθητές της Πρωτοβάθμιας και Δευτεροβάθμιας Εκπαίδευσης καθώς και από μεμονωμένους επισκέπτες.
Το έργο της μετεγκατάστασης και επανέκθεσης του Αρχαιολογικού Μουσείου Πύλου υλοποιήθηκε την περίοδο 2013 – 2015 από την Εφορεία Αρχαιοτήτων Μεσσηνίας στο πλαίσιο της πράξης «Επανέκθεση Αρχαιολογικού Μουσείου Πύλου, Δ. Πύλου Νέστορος Περιφέρειας Πελοποννήσου» προϋπολογισμού 1,099,750.00€, ενταγμένης στο Ε.Π. “Ανταγωνιστικότητα και Επιχειρηματικότητα” (ΕΠΑΝ ΙΙ) (2007 – 2013).