Σε μικρή απόσταση βόρεια του ιερού αποκαλύφθηκαν τα οικοδομικά λείψανα δύο μεγαρόσχημων κτιρίων της Πρωτοελλαδικής περιόδου (2650-2200 π.Χ.), κατασκευασμένα από ποτάμιους λίθους και πλίνθους. Το καλύτερα σωζόμενο Μέγαρο Α΄ (μήκους 35μ. τουλάχιστον) περιλαμβάνει πρόδομο, κεντρική αίθουσα, επιμήκεις διαδρόμους, πλακόστρωτη δίοδο, αποθηκευτικούς χώρους, αυλή ακόμη και υδαταγωγό. Η ιδιομορφία του οικοδομήματος αυτού είναι οι επιμήκεις στενόμακροι διάδρομοι κατά μήκος των μακρών πλευρών της κεντρικής αίθουσας, οι οποίοι είτε χρησιμοποιούνταν ως αποθήκες, είτε ως κλιμακοστάσια ανόδου σε δεύτερο όροφο.
Το επιβλητικό κτιριακό συγκρότημα συγκέντρωνε πιθανότατα διοικητικές και οικονομικές λειτουργίες και αποτελούσε το κέντρο ενός ανθηρού προϊστορικού οικισμού. Καταστράφηκε ήδη κατά την αρχαιότητα από πλημμύρα του παρακείμενου ποταμού Αρι. Πρόκειται για ένα από τα λιγοστά Πρωτοελλαδικά κτήρια αυτού του τύπου, στον ελλαδικό και ευρύτερο αιγαιακό χώρο και θα μπορούσε να συγκριθεί με παρόμοια Μέγαρα, που βρέθηκαν στη Λέρνα (Αργολίδα), στην Φυλακωπή (Μήλος), στην Κολώνα (Αίγινα), στη Βασιλική (Κρήτη) και στην Τροία.