Στο κτήριο διακρίνονται δυο κυρίες οικοδομικές φάσεις: ο αρχικός βυζαντινός ναΐσκος του 12ου αιώνα στεγάζει σήμερα το Ιερό. Ακολουθεί τον τύπο του ελεύθερου σταυρού και έχει επιμελημένη τοιχοποιία με περίτεχνο κεραμοπλαστικό διάκοσμο.
Στα χρόνια της Β’ Ενετοκρατίας (1685-1715) προστίθεται στα δυτικά μια ευρύχωρη τρουλαία αίθουσα, ο σημερινός κυρίως ναός, και το πυργοειδές κωδωνοστάσιο στη βορειοανατολική γωνία. Χαρακτηριστικά είναι τα λαξευτά πλαίσια στις θύρες και τα παράθυρα και ο στρογγυλός φεγγίτης στην δυτική όψη.
Στο εσωτερικό του αρχικού βυζαντινού ναού διατηρούνται μεταβυζαντινές τοιχογραφίες (τέλη του 16ου αι. – αρχές 17ου αι.)
Διακρίνεται ο Παντοκράτορας στον τρούλο, ενώ τις κάμαρες κοσμούν η Ανάληψη, η Δευτέρα Παρουσία και σκηνές από τον Ακάθιστο Ύμνο.
Στο σεισμό του 1986 ο κυρίως ναός κατέρρευσε. Ακολούθησαν εκτεταμένες εργασίες αποκατάστασης, συντήρησης των τοιχογραφιών και διαμορφώσεις του περιβάλλοντος χώρου από το Υπουργείο πολιτισμού.